Как сделать типирование

Обновлено: 05.07.2024

Типирование генов HLA II класса является обязательным исследованием для подбора донора при трансплантации органов. Кроме того, некоторые аллельные варианты генов HLA II класса ассоциированы с повышенным риском ряда заболеваний (сахарный диабет I типа, ревматоидные заболевания, аутоиммунный тиреоидит, восприимчи-вость к инфекционным заболеваниям и др.). Типирование генов HLA II класса применяется для диагностики некоторых форм бесплодия и невынашивания беременности.

Анализируемые аллели генов DRB1, DQB1 и DQA1 системы HLA II класса представлены в таблице:

Молекулярно-биологические методы предоставляют информацию о развитии ВПЧ-инфекции, но не позволяют судить о наличии заболевания, поскольку факт инфицирования ВПЧ не всегда сопряжен с заболеванием. Два основных метода диагностики ДНК ВПЧ — полимеразная цепная реакция (ПЦР) в режиме реального времени и метод гибридного захвата (Digine-тест). Оба метода практически не отличаются по чувствительности и специфичности, однако, сертифицирован и одобрен FDA только Digene-тест.

Технология Digene-теста основана на гибридном захвате и заключается в уникальном способе связывания вирусной ДНК с РНК-зондом, захвате полученного гибрида моноклональными антителами и хемилюминисцентной детекции образуемых комплексов.

По сути это качественный тест, который применяется для профилактического скрининга для ранней диагностики патологии шейки матки. Тест идентифицует 13 генотипов высокого (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 68) и 5 генотипов низкого риска (6, 11, 42, 43, 44).

Тест одобрен Федеральной службой РФ по надзору в сфере здравоохранения и социального развития (ФСНСЗСР). Digene-тест выявляет клинически значимый уровень инфицирования вирусом папилломы человека, который приводит к развитию неоплазии шейки матки. Положительный результат теста выдается в единицах Digine. Отрицательный тест практически исключает CIN II и CIN III.

Обнаружение ДНК ВПЧ в качественном формате

Количественное определение вируса ВПЧ

Количественный анализ ДНК ВПЧ наиболее чувствителен на ранних этапах папилломавирусной инфекции, когда отсутствуют другие признаки инфицирования. Например, цитологические, клинические. Метод количественного определения используется в качестве скрининга, особенно в рамках национальных программ контроля рака шейки матки, а также для оценки эффективности терапии.

Количественные ПЦР-методы направлены на максимальную чувствительность выявления вирусной ДНК, однако, не всегда существуют прямые клинические корреляции.

Одним из критериев клинически значимой инфекции, которая с высокой степенью вероятности способна развиться в неоплазию, рассматривается вирусная нагрузка. Вирусная нагрузка 3 lg на 105 клеток является клинически малозначимой, поскольку сопровождается минимальным риском дисплазии и почти в 100% случаев заканчивается спонтанной регрессией. Вирусная нагрузка больше 5 lg на 105 клеток считается повышенной и сопряжена с высоким риском развития дисплазии. Снижение вирусной нагрузки на 1 lg за 6 месяцев говорит о транзиторной инфекции.

Прогностическая ценность вирусной нагрузки на сегодняшний день однозначно не определена.

Генотипирование вируса

Генотипирование вируса методом ПЦР позволяет определить тип вируса ВПЧ и его онкогенность. Этот метод подходит для выявления персистенции ВПЧ и позволяет отличить случаи реинфекции. О реинфицировании говорит изменение спектра генотипов, о персистентной инфекции — сохранение генотипа вируса через год после первого тестирования.

При инфицировании несколькими генотипами ВПЧ одновременно, прогноз течения заболевания менее благоприятный, а риск персистенции и риск развития РШМ по сравнению с инфицированием одним типом более высокий.

Выявление ВПЧ высокого риска свидетельствует о наличие папилломавирусной инфекции. ВПЧ высококанцерогенного риска имеют различный онкогенный потенциал. На долю самых опасных, 16 и 18, приходится около 70% всех случаев цервикального рака. Генотипирование на ВПЧ 16 и 18 позволяет выделить группу женщин, которые имеют повышенный риск развития цервикального рака.

Отвечает за работу системы HLA семейство генов, расположенных на коротком плече 6-й хромосомы человека. Эти гены имеют большое количество вариантов (аллелей), то есть обладают очень высоким полиморфизмом. Спектр аллелей каждого гена комплекса HLA уникален для каждого организма и определяет его биологическую индивидуальность.

Существует прямая зависимость: чем больше аллелей HLA-генов оказалось схожим у супругов, тем больше риск выкидыша. Около 35% пар с повторяющимися случаями выкидыша имеют по 2—3 совпадения. Полное несовпадение партнёров — положительный результат, идеален для беспроблемного протекания беременности.

Поэтому для диагностики иммунных форм бесплодия и невынашивания беременности необходимо генотипировать супругов по локусу HLA для антигенов класса II (HLA-типирование). Генотипирование проводится по HLA-DR и HLA-DQ антигенам (генам HLA II класса DRB1, DQA1, DQB1), так как эти антигены представлены на клетке в несравненно большем количестве и являются наиболее иммуногенно активными.

Для преодоления проблемы сходства супругов по HLA-антигенам существует несколько видов терапии: иммунизация матери концентрированной культурой лимфоцитов мужа; иммунотерапия препаратами иммуноглобулинов человека и др. При абсолютной иммуногенетической несовместимости возможно использование донорской спермы.

Для проведения исследования у супругов берется кровь из вены в пробирку с ЭДТА (фиолетовая крышка) не менее 2-х мл (не допускать в качестве антикоагулянта гепарин). Из полученных образцов выделяют ДНК.

Специальной подготовки пациента к анализу не требуется.

При наличии у супругов повышенного количества (более 3) общих HLA-антигенов (часто наблюдается при родственных браках) развивается невынашивание беременности.

Большой процент совпадений по HLA-аллелям у мужа и жены может расцениваться как абсолютная иммуногенетическая несовместимость — в таком случае даже зачатие невозможно

Молекулярно-генетическая служба ФГБУ "НМИЦ Радиологии" Минздрава России имеет подразделения во всех 3-х филиалах Центра (МНИОИ имени П.А. Герцена, МРНЦ имени А.Ф. Цыба, НИИ урологии и интервенционной радиологии имени Н.А. Лопаткина) и проводит уникальные молекулярно-генетические исследования (в том числе методов NGS) и медико-генетическое консультирование онкологических пациентов и их родственников.

Узнать о риске онкозаболевания

Вовремя начать профилактику рака

Выбрать оптимальную схему лечения

ОМС, ДМС, платные медицинские услуги

Руководитель молекулярно-генетической службы, д.м.н. Людмила Николаевна Любченко

Записаться к врачу

Оставьте заявку и ожидайте консультацию нашего специалиста

Что нужно знать о молекулярно-генетической диагностике?

Молекулярно-генетическая диагностика онкологических заболеваний

Совершенствование диагностических методик и развитие онкогенетики требуют внедрения более персонифицированного подхода к выявлению генетической предрасположенности к наследственным онкологическим заболеваниям (индивидуализированная оценка риска). По этой причине сегодня пациентам предлагается широкий спектр генетических тестов: от выявления наиболее частых мутаций до полного секвенирования генома. Подбор соответствующей методики проводится онкологом, совместно с врачом генетиком.
Принимая во внимание доказанный и хорошо охарактеризованный вклад различных мутаций определенных генов в риск развития рака, проведение генетического тестирования, позволяет предсказывать наследственные формы рака, а также разрабатывать программу его профилактики и контроля.

Вторым направлением в молекулярно-генетической диагностике рака является проведение молекулярно-генетического тестирования, которое помогает выбрать наиболее эффективное лечение на основе индивидуальных характеристик опухолевых тканей, таких как соматические мутации или другие уникальные биологические параметры злокачественных опухолей.

Кому и чем полезны генетические исследования?

По результатам молекулярно-генетической диагностики врач-онколог:
● подбирает эффективную лекарственную терапию пациентам с установленным онкологическим диагнозом;
● определяет наличие онкологической предрасположенности и корректирует лечение пациентам моложе 50 лет с диагнозом рак молочной железы, рак яичников, рак желудка и рак поджелудочной железы;
● определяет наличие онкологической предрасположенности и заблаговременно проводит профилактические мероприятия по раннему выявлению опухоли здоровым людям с неблагоприятной наследственностью в генах, вовлеченных в канцерогенез.

Лаборатория молекулярной генетики и методы диагностики

Лаборатория молекулярной генетики является профильным высокоспециализированным подразделением ФГБУ “НМИЦ Радиологии” Минздрава РФ, выполняющим молекулярно-генетическую диагностику при наследственных и спорадических формах злокачественных новообразований с целью индивидуализации диагностики, лечения и профилактики онкологических заболеваний у пациентов и членов их семей, а также с целью проведения научно-исследовательской работы. На базе Лаборатории молекулярной генетики выполняются молекулярно-генетические исследования, в том числе молекулярное профилирование, индивидуального и опухолевого геномов с целью определения герминальных, соматических мутаций и других геномных перестроек у пациентов и членов их семей.

Оснащение Лаборатории молекулярной генетики

Оборудование для проведения молекулярной диагностики

● Роботизированная станция для автоматической экстракции нуклеиновых кислот из различных биологических материалов методом сорбции на магнитных частицах.
● Детектирующие амплификаторы в режиме реального времени.
● Система генетического анализа (капиллярный секвенатор) для секвенирования по Сэнгеру.
● Фрагментный анализатор на основе капиллярного гель- электрофореза.
● Высокопроизводительные NGS секвенаторы.
● Гель-детектирующая станция.
● Низкотемпературные холодильные камеры хранения биологического материала.
● ПЦР-боксы, дозаторы, центрифуги и др.

Рабочие зоны лаборатории молекулярной генетики

Лаборатория оснащена современным диагностическим оборудованием для проведения широкого спектра молекулярно-генетической диагностики: выделения нуклеиновых кислот из любого биологического материала (опухолевая и/или нормальная ткань, плазма, лимфоциты, клеточные культуры и др.), полимеразная цепная реакция (ПЦР), ПЦР в реальном времени (высокоспецифичный и чувствительный метод, использующийся в качестве инструмента для выявления соматических мутаций при различных видах рака), фрагментный анализ (позволяет обнаружить изменения в ДНК для идентификации наличия или отсутствия определенной геномной последовательности), секвенирование методом Сэнгера и методы секвенирования нового поколения (позволяют идентифицировать мутации при анализе длинных участков ДНК или всего генома).

Список рабочих зон лаборатории:
* прием, регистрация, разбор и первичная обработка материала;
* выделение ДНК/РНК;
* приготовление реакционных смесей и проведения ПЦР;
* детекции продуктов амплификации методом электрофореза и др;
*секвенирование.

Применение методов молекулярной диагностики

Молекулярно-диагностические исследования

● Распознать потенциальное развитие побочных токсических эффектов при использовании препаратов для лечения онкологических заболеваний (DPYD, UGT1A1 и др.).
● Выявить предрасположенность к возникновению мутаций в результате нарушений системы исправления химических разрывов и повреждений ДНК (MSI-статус).
● Различить вид рака при невозможности постановки диагноза другими методами.
● Определить присутствие патогенных организмов, наиболее опасных для онкологических больных, включая вирусы, бактерии и грибы (CMV, EBV, HSV1, HSV2, Proteus mirabilis, Candida spp. и др.).

Какие анализы сдаются для молекулярно-генетического тестирования?

Что необходимо сдать для исследования

Для проведения молекулярно-генетических исследований в качестве образцов биологического материала используются:
● периферическая кровь, буккальный эпителий и нормальная ткань (постоперационный материал) для диагностики герминальных мутаций, определения чувствительности и токсичности лекарственных препаратов, HLA-типирования, определения вирусной нагрузки, определения MSI-статуса и др;
● все патоморфологические материалы: опухолевая ткань в парафиновых блоках и стеклах. При низком качестве срезов или для выявления важных деталей могут понадобиться дополнительные срезы. Культуры опухолевых клеток, асцитическая, плевральная и др. жидкости для диагностики соматических мутаций и молекулярных маркеров с целью подбора таргетной терапии.

Перечень анализов по ОМС

Читайте также: